Après une première édition les 7 et 8 janvier, les laboratoires du Groupe Cerba HealthCare se sont mobilisés le 27 janvier pour participer au second volet de l’enquête Flash.
Toutes les souches PCR positives proviennent de notre réseau de laboratoires d’analyses médicales Cerballiance, et des clients de notre laboratoire de biologie spécialisée Cerba.
Sur le dépistage :
Sur un total de 23 167 prélèvements nasopharyngés réalisés, nous avons identifié 9.4% de tests positifs.
Sur le test de criblage :
Sur un total de 2136 prélèvements analysés, 14,1% sont suspectés d’être porteurs du variant dit anglais (20I/501Y.V1) et 3,7% d’un autre variant.
Les tests de criblage réalisés par le Laboratoire Cerba représentent plus du tiers des recherches de variants de l’étude du 27 janvier (31,5%).
Parmi les régions présentant un nombre de cas significatif (plus de 100), on note une forte disparité : Dans certaines régions, on retrouve une faible fréquence de variants dit anglais de l’ordre de 5% (Provence, Rhône Alpes Centre-Est, Normandie), alors que d’autres présentent une fréquence élevée de l’ordre de 15 à 23% (Cote d’Azur, Ile de France Sud, Paris et Ile de France Est).
Sur le séquençage :
Sur 170 prélèvements séquencés, 105 ont été confirmés comme présentant un variant UK (20I/501Y.V1) dit « anglais », 20 étaient porteurs d’un variant SA (20H/501Y.V2) dit « sud-africain » et 2 témoignaient de la présence du variant BR (20J/501Y.V3) dit « brésilien ». Les variants brésiliens ont été identifiés en Ile de France et les variants sud-africains en Ile de France, en PACA et en Normandie.
Des variants aux profils atypiques ont également été détectés au sein de 22 échantillons. Un des profils atypiques avait déjà été identifié dans la première enquête Flash des 7 et 8 janvier (porteur de la mutation E484K sans mutation N501Y). Un nouveau variant a également pu être identifié.
Leurs profils ont été partagés avec le CNR de Lyon (Pr Lina) pour mettre à jour le référentiel des variants et explorer de façon fine leur origine.
« La présence de ces nouveaux variants atypiques souligne l’importance de la surveillance épidémiologique massive par séquençage à haut débit, seule technique à même de détecter les variants émergents pour lesquels des PCR ciblées n’existent pas encore » précise Sylvie Cado, PDG du Laboratoire Cerba.